Odsíření bylo v Elektrárně Chvaletice vystavěno v letech 1995 – 1998 finsko-japonským konsorciem firem IVO, Itochu, Hitachi. Odsíření pracuje na principu mokré vápencové vypírky. Kouřové plyny z elektrostatických odlučovačů, na nichž dojde k odloučení popílku, jsou tlačeny kouřovými ventilátory kotlů přes dva kouřovody do dvou absorbérů. V absorbéru jsou kouřové plyny protiproudně sprchovány vápencovou suspenzí. Účinnost odsiřovací reakce v absorbéru převyšuje 95 %. Každý z obou absorbérů má takovou kapacitu a je tak zapojen, že je schopen odsiřovat kouřové plyny z kterýchkoli dvou bloků, takže při opravách zbývajících dvou bloků je možno, v případě nutnosti, opravovat i jeden z absorbérů.
Odsířené kouřové plyny jsou z absorbérů zavedeny do chladících věží - v České republice byl tento způsob použit poprvé právě v Elektrárně Chvaletice. Tento způsob vyvedení odsířených kouřových plynů zajišťuje jejich lepší rozptyl do ovzduší než klasický vývod komínem.
